Fille de l'écrivain Jean-Claude Pirotte, elle effectue deux années au Conservatoire de Bruxelles en art dramatique puis entreprend des études en Histoire de l'Art à l'université libre de Bruxelles. Elle soutient une thèse en 1999 autour des évangéliaires insulaires du Moyen Âge et commence une carrière scientifique comme chercheur au FNRS (Fonds de la Recherche Scientifique). Elle se consacre à l'écriture de scénarii de documentaires et de fictions.
Today we live, publié aux éditions du Cherche midi en septembre 2015 est son premier roman. Il reçoit en 2016 le prix Edmée de la Rochefoucaud, le prix Historia et en 2017 le prix des Lycéens de Littérature.
Emanuelle Pirotte vit en Belgique, dans un village du Condroz.